花椒在生长发育过程中，由于环境不适或受病原菌的侵害，常常发生一些影响椒树生长挂果结实、产品质量的病害。常有的病害有花椒菟丝子、花椒锈病、花椒根腐病、花椒落叶病、花椒炭疽病、花椒溃疡病、花椒枯梢病、花椒枯枝病、花椒叶斑病、花椒膏病等。现主要介绍花椒根腐病，花椒锈病和花椒膏病。
花椒根腐病常发生在苗圃和成年椒园中。是由腐皮镰孢菌引起的一种土传病害。受害植株根部变色腐烂，有异臭味，根皮与木质部脱离，木质部呈黑色。地上部分叶形小而色黄，枝条发育不全，严重时全株死亡。防治措施：合理调整布局，改良排水不畅，环境阴湿的椒园，使其通风干燥。做好苗期管理，严选苗圃，以15%粉锈宁500-800倍液消毒土壤。高床深沟，重施基肥。

秋播在土壤封冻前，春播一般在3月中旬至4月上旬，地表10厘米处土温达到8—10℃时为宜。育苗地应施足基肥，深翻后整平做畦，灌透水。条播，行距20—25厘米，覆土厚1厘米，然后在畦面上覆盖薄薄一层草或塑料地膜，以保持畦面湿润，出苗后除去覆盖物。播种量每亩4—16公斤。苗高4—5厘米时间苗，株距10—15厘米，6—7月间每亩施尿素10公斤，施后灌水，及时中耕除草，雨季注意排涝，一般当年苗高可达70—100厘米。
合理施肥可以显著增产。基肥春施、秋施皆可，以秋季果实采收后施入 ，每株沟施圈肥或堆肥25公斤左右，注意肥、土混匀，施后灌水。追肥每年两次。 次在萌芽期，可促进梢叶生长，提高座果率，促进幼果生长；第二次在采收后，也可结合秋施基肥一起进行，有利于花芽分化和根系生长，提高叶功能，增加树体营养贮藏，对保证翌年增产有重要作用。追肥量成龄树每次每株尿素0.25—0.5公斤，追肥后要及时灌水。甘肃省干旱年份应注意4、5、6 月份适当灌水，以保证梢叶生长开花和幼果发育对水分的需要，防止严重落果。花椒不抗涝，雨季要注意排水防涝。

即可出苗，苗木长出两片芽叶时，气温逐渐转暖，要及时破膜放苗，防止苗木弯曲在地膜内或被烫伤。放苗时注意用湿土把膜封严。放苗前地膜要破小口进行炼苗，以适应放苗后苗木在外界条件下生长。秋播播种沟深3―4cm。播种应根据种子质量确定，经过漂选的种子每亩带动10―12kg。
下种量掌握在每亩（667平方米）100斤左右。将花椒种子放好后即可埋土，用人工将沟填平，一般埋土厚度在2-3厘米为好，埋土后耧平即可，采用以上方法种植的花椒苗一般20天后即可出苗，出苗后按正常苗期管理即可，一般当年苗高度可达0.5-1.5米，每亩出苗在2-3万棵 。
花椒树耐干旱瘠薄，特别适宜于梯田地、边隙地、荒地、果园四周等栽植。科学栽植花椒树也是改善生态环境、增加农民收入的有效途径。初春土壤解冻后，将花椒树根系周围的土壤深刨30—50厘米，每株施有机肥30千克左右；4月中旬萌芽期、7月下旬采果后，每株各施标准化肥0.4千克。施肥后及时浇一遍透水。