花椒在生长发育过程中，由于环境不适或受病原菌的侵害，常常发生一些影响椒树生长挂果结实、产品质量的病害。常有的病害有花椒菟丝子、花椒锈病、花椒根腐病、花椒落叶病、花椒炭疽病、花椒溃疡病、花椒枯梢病、花椒枯枝病、花椒叶斑病、花椒膏病等。现主要介绍花椒根腐病，花椒锈病和花椒膏病。
花椒根腐病常发生在苗圃和成年椒园中。是由腐皮镰孢菌引起的一种土传病害。受害植株根部变色腐烂，有异臭味，根皮与木质部脱离，木质部呈黑色。地上部分叶形小而色黄，枝条发育不全，严重时全株死亡。防治措施：合理调整布局，改良排水不畅，环境阴湿的椒园，使其通风干燥。做好苗期管理，严选苗圃，以15%粉锈宁500-800倍液消毒土壤。高床深沟，重施基肥。

另一种是用50%碱水浸泡15~20分钟，水温30~40℃，捞出后，用清水冲洗几次，再用草木灰或粗砂反复揉搓直至种子表面呈灰白色为止，然后用清水洗净，梢凉即可播种。花椒的适应性强,管理容易,房前屋后均可栽植。 花椒播种育苗既有春播又有秋播。经各地实践证明,秋播比春播有以下几点好处:一是秋播花椒免去了种子催芽的程序,种子自然发芽,一次出齐,抗逆性强。
是能提高植株的抗病能力。秋播的花椒,一般在翌春3月下旬或4月上旬出齐,当外界气温剧烈变化时,幼苗已具备了一定的适应能力。三是秋播花椒不需追肥。花椒秋播比春播提前出土10～15天,这样苗木速生期来得早,形成完整的根系也早,能从土壤中吸取头一年整地时施用的有机肥。
对于北方北京以北地区一般是春季地皮解冻后栽植比较好。黄河以北地区一般在秋冬季节核桃树苗落叶后到翌年开春后花椒苗发芽之前都可种植；中南部地区提倡秋冬季节种植比较好。因为北方特别寒冷的地方冬季种植有的需要采取防寒措施,比较麻烦,所以春季种植较好。而北方不太寒生长发芽,对来年生长有很大的帮助。所以各个地区应根据自己的实际情况酌情考虑。